Mivel molekulája N-S-kötéseket tartalmaz, a Kathon baktériumölő hatását a bakteriális és algafehérjékben lévő kötések felbomlásával fejti ki. Mikroorganizmusokkal való érintkezéskor gyorsan gátolja azok növekedését; ez a gátlási folyamat visszafordíthatatlan, ami mikrobiális sejthalálhoz vezet. A sejtpusztulás előtt a Kathon{3}}kezelt mikroorganizmusok már nem tudnak enzimeket szintetizálni, és adhezív biofilm anyagokat kiválasztani. A hidegvizes rendszer berendezéseinek felületére tapadt biofilmbe való behatolás révén a Kathon hatékonyan szabályozza a biofilm alatti mikroorganizmusokat.
Izotiazolinon származékként a Kathon különböző baktériumokkal való kölcsönhatásait alaposan tanulmányozták. Heterociklusos vegyületként baktericid mechanizmusa elsősorban nem -oxidatív, a heterociklus aktív részére támaszkodik, hogy hidrogénkötéseket hozzon létre a bakteriális fehérjékben lévő DNS bázisaival, adszorbeálva a baktériumsejtet, és ezáltal megzavarja a DNS szerkezetét, ami képtelenné teszi a replikációt és sejthalálhoz vezet.
